A menos que as opções / parâmetros sejam codificados, você precisará de alguns caminho para passá-los para o aplicativo durante a inicialização. Se você tiver a fonte Java, obviamente poderá editá-la conforme necessário, mas se você simplesmente tiver um JAR executável (o JRE instalado executável, é claro), não há nenhuma maneira possível de incorporar argumentos no próprio arquivo.