Correndo o risco de te ofender, eu suspeito que você não entende o papel deste arquivo, ou como o Modo XP funciona.
Um Disco Rígido Virtual (VHD) é uma representação virtual de uma unidade física, na medida em que armazena a partição na qual o Windows XP está instalado, para o Modo XP.
Seu software de backup deve, em vez de tentar fazer backup do VHD, ser executado como um serviço dentro do Modo XP, fazendo backup de arquivos no servidor enquanto o XP Mode está em execução.
A Microsoft tornou o XP Mode "transparente" para o Windows 7, de modo que enquanto você estiver no Modo XP, as janelas, o Menu Iniciar, a área de notificação e assim por diante agem como parte do ambiente do Windows 7.
Considere iniciar o Modo XP diretamente e operá-lo como uma máquina separada, na janela do Virtual PC, ao invés de chamar o compilador do Menu Iniciar do Windows 7. Dessa forma, você tem mais controle sobre o que está sendo executado e pode gerenciar melhor seus backups.
Depois, você pode adicionar facilmente uma exclusão ao processo de backup em sua máquina com Windows 7 para ignorar esse grande VHD.
Quanto a limpar o VHD toda vez, espero que minha resposta tenha explicado por que isso simplesmente não é possível. Espero que, no entanto, seus backups sejam gerenciados melhor, executando o Modo XP em sua própria janela do Virtual PC.