Na verdade, a maneira que eu queria que a conexão remotamente automática não fosse boa, porque fazia uma conexão indireta (chamando automaticamente o prompt do cmd e abrindo o VNC por ele) Funciona, mas existe uma maneira melhor de fazer isso: A coisa certa a fazer é escrever um código que use o protocolo RFB. Ao implementar as três etapas a seguir (no meu caso, em um projeto do eclipse), você pode obter uma conexão de comunicação remota VNC automatizada: hand-shake, client & server init e depois a interação normal do protocolo.