Se isso for uma atualização, você pode estar antecipando configurações antigas que podem estar atrapalhando as coisas. Eu sugiro que você execute o seguinte para redefinir a configuração:
mv ~/.gconf/apps/gedit-2{,-OLD}
mv ~/.config/gedit{,-OLD}
mv ~/.gnome2/gedit{,-OLD}
Depois de ter feito isso, o gedit deve iniciar com uma nova configuração se você não quiser executar find ~ -name '*gedit*'
e ver se há algum outro lugar em que a configuração esteja oculta .
Se isso não ajudar, você deseja registrar um bug!
ubuntu-bug gedit