Instalar o Windows primeiro é uma boa regra quando se inicia o boot duplo. O Windows tende a assumir o gerenciador de inicialização quando é instalado. A instalação do Linux 2nd garantirá o Grub ou o qual o gerenciador de inicialização que você deseja utilizar está instalado sem grandes problemas.
Não é provável que um vírus transfira para sua partição linux do Windows. Com o software de terceiros, as janelas não podem ler os sistemas de arquivos EXT. Um vírus pode afetar outros itens, como o MBR, e obter dessa forma, Certifique-se de que sua instilação do Windows esteja atualizada e tenha um bom antivírus, o AVG ou o Avast! são minhas sugestões.
Ter um sistema de inicialização dupla não deve afetar o desempenho de nenhum dos sistemas operacionais, desde que você tenha espaço em disco suficiente.