No meu caso, esse comportamento foi causado por uma linha do modo evitação do mouse no meu arquivo .emacs
:
(mouse-avoidance-mode (quote banish) nil (avoid))
Eu mudei para:
(mouse-avoidance-mode 'exile)
e agora tudo funciona bem.
Estou usando o emacs 24.1 do link no mac os 10.7. Funciona bem, mas por alguma razão eu não consigo minimizar a janela do emacs. Quando pressiono o botão amarelo no canto superior esquerdo, a janela vai para o encaixe, mas depois é imediatamente restaurada no mesmo lugar.