O artigo vinculado a já contém a resposta que você está pedindo:
x64-based versions of Windows Server 2003 that are running on a computer that uses a multicore processor or a hyper-threading processor support a maximum number of 64 logical processors.
Quanto à sua segunda pergunta, eu diria que o Windows 2003 detectará até 64 processadores físicos e qualquer número de processadores lógicos, mas não usará nenhum processador lógico acima do máximo de 64. Em qualquer caso, eu não veja que faz muita diferença se ele detecta ou não os processadores adicionais se não for usá-los de qualquer maneira!