Se você verificou que a nova configuração do grub2 funciona, você pode usar grub-install
com segurança.
A única coisa significativa que o upgrade-from-grub-legacy
faz é esta:
rm -f /boot/grub/{{xfs,reiserfs,e2fs,fat,jfs,minix}_stage1_5,stage{1,2}}
que essencialmente remove os arquivos do legado grub de / boot / grub, você também pode remover /boot/grub/menu.lst
se ele não contiver nada importante para você.