A execução de mais programas ao mesmo tempo reduz a velocidade da minha máquina? Sim.
Será perceptível? Se você tem um disco rígido rápido e um banco de dados pequeno, provavelmente não.
Você deve desinstalá-los? Bem, não, apenas não os faça iniciar quando você fizer o login. O que importa se não estiver sendo executado na inicialização se você ocasionalmente quiser trabalhar nele? Basta executar o comando para iniciá-los. Se você é outra solução para reinstalar seus bancos de dados toda vez que quiser brincar com eles, você terá muito mais problemas do que se iniciá-los manualmente quando quiser usá-los.