O Bukkit tem recurso interno para isso. Inicie o servidor usando o parâmetro --log-limit=X , em que X é o tamanho máximo do log no número de linhas.
Atualmente, estou executando um servidor bukkit (minecraft) que gera um arquivo server.log com todas as mensagens / erros do console.
De vez em quando eu tenho um plugin (que eu preciso) que falha e pode fazer com que o tamanho do arquivo server.log aumente drasticamente. Eu tive que atingiu 32GB antes que usou todo o meu espaço em disco.
Existe uma maneira de torná-lo um registro rotativo (exclui erros antigos) ou pode limitar o tamanho do arquivo para que ele não ultrapasse 10MB. Mas a solução não precisa afetar como o servidor é executado, por isso não gera um erro quando não consegue mais escrever.
De qualquer forma, ao fazer isso com o CentOS?