Codificação do arquivo de texto
Vá para:
Windows > Preferências > Geral > Espaço de trabalho
do que encontrar:
Codificação do arquivo de texto > Outro
e apenas digite manualmente a codificação: cp1250
Você provavelmente deseja alterar também o "Novo delimitador de linha do arquivo de texto" para Outros > Windows.
Maven
Para construir o código, você precisa passar set -encoding
argument no javac, para fazer isso no maven, adicione isso ao seu .bashrc
export MAVEN_OPTS="-Dfile.encoding=CP1250"