se você olhar no gerenciador de perfis do sistema (menu apple / sobre esse mac - acredito que o leão é chamado de relatório do sistema), você poderá ver a velocidade negociada do link para o seu disco rígido.
se diz que 3GBs negociaram velocidade (e aposto que sim), essa é a sua resposta.
aqui está o que aconteceu:
você substituiu sua unidade antiga (que era de 3 GB) e instalou uma unidade de 6 GBs - o OSX não é inteligente o suficiente para renegociar o link, por isso ainda está transmitindo dados na velocidade mais baixa.
se você fizer uma redefinição de SMC no seu mac (google, já faz um tempo desde que eu possuía um macbook) seu sistema renegociará o link e obterá velocidades sata3 de 6GB.
mesma coisa aconteceu comigo no meu início de 2011 13 "macbook pro.
espero que ajude!