Sua chave Comando é presa programaticamente, por exemplo, executando key down command no AppleScript.
Se você não programou, tente pressioná-lo repetidamente e verifique se o teclado está limpo.
Tente fazer logout e voltar. Isso redefinirá o estado relevante da interface do usuário.
Se você realmente o programou no AppleScript, prepare-se criando um Serviço no Automator que receba nenhuma entrada em qualquer aplicativo e tem a seguinte ação Executar AppleScript :
tell application "System Events"
key up command
key up option
key up control
key up shift
end tell
Isso redefinirá os estados de todas as teclas modificadoras. Salvar para disponibilizá-lo no submenu Serviço do aplicativo no menu do aplicativo.