Normalmente, quando o Windows desconecta um dispositivo USB, ele não o marca como "Dispositivo desconhecido", em vez disso, ele simplesmente desaparece do Gerenciador de dispositivos.
Eu tenho medo de você ter um problema de hardware (provavelmente o problema USB- (S) ATA bridge), não de software.
Existe alguma entrada no log de eventos? Você pode olhar para o whitepaper Rastreamento de eventos USB para Windows para dicas de como depurar isso.