No caso mais simples:
ffmpeg -i input.flv -an -c:v copy output.m4v
Isso copiará o fluxo de vídeo bruto, descartará o áudio e alterará o contêiner.
Apenas coloque isso na sua linha PHP exec conforme necessário. Por exemplo:
<? exec("ffmpeg -y -i $infile -an -c:v copy $outfile"); ?>
Não se esqueça de atualizar o FFmpeg para a versão mais recente, dependendo do seu sistema operacional. E, como @soandos mencionado, confira o meu post sobre esse assunto: FFmpeg: A melhor ferramenta de manipulação de vídeo e áudio - Super User Blog