Para enviar um e-mail ao seu cliente de e-mail (Thunderbird ou seu script PHP), você deve se conectar a um servidor SMTP que possa retransmitir o e-mail pela Internet para finalmente acessar o servidor de e-mail do destinatário. A porta padrão para SMTP é 25, mas outras portas como 587 ou 465 às vezes podem ser usadas em vez disso, geralmente com algum tipo de criptografia, como SSL.
Qual porta e criptografia usar depende do servidor SMTP que você está usando. O Thunderbird, como você mencionou, pode detectar isso testando portas e protocolos comuns. Para enviar e-mail via SSL de um script PHP, você pode, por exemplo, usar o PEAR Mail .
As informações sobre como os protocolos de e-mail funcionam provavelmente não devem ser consideradas de conhecimento comum. Wikipedia , claro, tem uma visão geral, mas como você diz, um livro é provavelmente recomendado se você quiser ir mais fundo.