Existe uma sobrecarga inevitável, embora isso esteja melhorando. Ele ainda existe, mesmo que esteja marcado como desativado.
There is still a bit, about 10%. Xdebug 2.2 (currently SVN-only) have some improvements for this with xdebug.coverage_enable=0 --- https://twitter.com/#!/xdebug/status/50262398933798912
Pessoalmente, deixo o Xdebug fora de um servidor de produção e tento apenas executá-lo localmente. Para a criação de perfis, a execução ao vivo ainda pode ser útil, mas o XHProfLive foi projetado com menos sobrecarga não operacional , e então eu tive que correr 1 vez em 10.000 chamadas ao vivo antes. A maioria das pessoas não precisa disso de qualquer maneira (exceto em uma máquina de desenvolvimento).