Vou adivinhar e supor que você estivesse usando a metacity no sistema antigo e agora está usando o compiz.
O Compiz funciona de forma um pouco diferente com o painel do GNOME, e você não pode arrastar os aplicativos no painel para um novo espaço de trabalho. Você pode, no entanto, arrastar o aplicativo pela barra de título e movê-lo para a borda da tela. Isso fará com que a janela mude para o próximo espaço de trabalho (desde que você tenha os efeitos avançados habilitados nas propriedades de aparência).
Deixe-me um comentário se precisar de mais detalhes.
EDITAR: Você também precisará de compiz config para ativar o arrastamento de janelas pelos desktops. Parede da área de trabalho (ou cubo, se quiser) fornece a opção. Na parede da área de trabalho, por exemplo: A opção é edge_flip_move. Você também pode usar o edge_flip_dnd para arrastar e soltar:)