Primeiramente, o AutoHotkey pode ser baixado gratuitamente aqui: link
Este script simplesmente troca o controle e as teclas alt. Depois de alterar e salvar o arquivo, use Arquivo> Recarregar script para aplicar.
LControl::LAlt
LAlt::LControl
RAlt::RControl
RControl::RAlt
Se você quiser reorganizar a chave do Windows, o código ficaria assim:
LWin::Alt