Você deve considerar o uso de algo mais novo que o TB v3. É bem velho. Eu acredito que v10 ou v11 é atual. :)
Os marcadores do Gmail não correspondem realmente a nada sensato no IMAP, por isso usamos pastas como solução alternativa. A grande diferença é que uma mensagem pode ter vários rótulos do Gmail, mas no IMAP só pode existir em uma pasta de cada vez. O resultado final em seu computador é que, para qualquer mensagem que tenha mais de um rótulo no Gmail, seu Thunderbird fará e manterá UMA CÓPIA dessa mensagem em cada uma das pastas correspondentes. Remover um rótulo do Gmail de uma msg é o mesmo que excluir uma dessas cópias do Thunderbird.
Cuidado, não sei como você informa se está excluindo a última 'cópia' e excluindo a própria mensagem permanentemente.
hth