Verifique se você está olhando para o mesmo diretório. Nautilus (a GUI) e ls (no terminal) mostrarão as mesmas permissões. Onde você acabou colocando o diretório gosmer ? Normalmente, isso precisa ser /home/USER/public_html/gosmer para o servidor da web para ver como http://localhost/~USER/gosmer/ . Para ativar public_html , use sudo a2enmod user_dir .
Por fim, o seu servidor da Web está configurado para executar o idioma que o gosmer usa? Por exemplo, o PHP precisaria de libapache2-mod-php instalado, e se gosmer usasse CGI, você precisaria ativar o módulo CGI ( sudo a2enmod cgi ) e permitir (adicione ExecCGI à diretiva Options para seu host virtual em as configurações do Apache, por exemplo:
<Directory /somewhere>
AllowOverride All
Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec ExecCGI
IndexOptions NameWidth=*
<Directory>
Isso pode precisar ser feito em /etc/apache2/mods-available/userdir.conf se você estiver usando public_html como destino.