No Windows, a maioria dos aplicativos é instalada executando um aplicativo / arquivo compatível com MSI (Microsoft Installer).
MSI contém uma grande quantidade de lógica de instalação, configurações, mecanismos de configuração, etc., etc. Embora você possa remover um MSI, modificá-lo e reempacotá-lo ao seu gosto, isso pode resultar em configurações de aplicativos com problemas.
Aplicativos diferentes se configuram de maneiras diferentes - alguns usam o registro, alguns usam arquivos de configuração XML, outros usam arquivos de configuração com formato próprio. Alguns usam vários pontos de configuração - registro, arquivos, etc.
Se você realmente quiser configurar este aplicativo, recomendo tentar descobrir onde ele mantém todos os seus dados de configuração. Em seguida, você pode escrever o script necessário para modificar o registro e / ou modificar o (s) arquivo (s) de configuração do aplicativo com as configurações desejadas.
Entenda, no entanto, que, a menos que você seja cuidadoso, há uma boa chance de você confundir o aplicativo - geralmente de maneira sutil e difícil de rastrear e pode corromper os dados (especialmente se o aplicativo armazenar dados em arquivos e / ou bancos de dados)!
Pise com cuidado!