Maneira mais simples:
- Crie uma pasta na sua pasta pessoal chamado webroot (pode ser chamado qualquer coisa que você gosta, mas webroot ou www parece lógico)
- criar um link simbólico da pasta webroot no seu diretório inicial para o local de seu diretório xampp htdocs. %código%
- alternativamente, você pode apontar o valor da raiz do documento (que eu acredito é encontrado em httpd.conf - não me cite nisso, eu só uso o xampp no windows e pode ser diferente no linux) para aponte para o diretório em sua casa pasta.
Você pode então usar a pasta em seu diretório home como faria com qualquer outro diretório, já que ele está na sua pasta pessoal e pertence e foi criado por você, não deve haver problemas de permissão. Isso funcionará como se você estivesse colocando os arquivos em htdocs, assim você pode executar arquivos php etc. como faria normalmente. Eu também declaro que pessoalmente eu uso o servidor da lâmpada disponível a partir do comando tasksel, como eu encontrei há geralmente mais ajuda disponível para isso.