Eu não acho que há muito o que fazer de errado no NetLimiter. É aqui que você define o limite de velocidade de upload:
Eu nunca toquei em mais nada quando tive que limitar minha largura de banda pessoal (mas, novamente, nunca tive o mesmo problema que você). Mas olhando em volta das opções no NetLimiter, eu também não vejo o que você poderia fazer diferente para ajustar o comportamento de limitação.