Você não usa o AppTrap para desinstalar o software .
Ele fica em segundo plano e espera que você o desinstale (arrastando um pacote de aplicativos para a Lixeira). Em seguida, ele pergunta se deseja manter ou excluir preferências e arquivos associados.
if I previously uninstalled softwares by naively deleting the XXX.app folder in /Applications, is there a way to find and delete the obsolete files associated with those deleted XXX.app folders, (using AppTrap)?
Não, esses arquivos permanecerão. O que você pode fazer é "instalar" o aplicativo novamente e, em seguida, arrastá-lo para a Lixeira, para que o AppTrap o capture.