Isso vai criptografar todo o disco, não apenas criar um arquivo de pacote esparso criptografado. É definitivamente o caminho a percorrer se você não precisa compartilhar a unidade com um sistema operacional Windows ou Linux. Você certamente será capaz de usá-lo para outras coisas junto com suas coisas da TM. Você pode usar o Carbon Copy Cloner lá também.
Há uma ressalva, eu estou quase positivo TM vai querer formatar o disco, se você quiser criptografá-lo. Então, você terá que mover seus dados para um ponto temporário primeiro e depois copiá-lo de volta.