Se você armazenar os arquivos dentro de um volume LVM, você pode travar o banco de dados e, em seguida, fazer um mysqldump, fazer um instantâneo LVM e, finalmente, desbloquear o banco de dados. Então faça backup do instantâneo do LVM. Dessa forma, você teria sincronizado o conteúdo do DB e do FS com o mínimo de tempo de bloqueio.