O motivo pelo qual o Empathy não tem as mesmas fontes que o resto da interface do usuário é porque na "área cliente" ele usa as configurações da interface do usuário conforme especificado pelo tema do bate-papo (Desde a versão 2.27.3, o Empathy usa Adium Message Estilos que definem como as fontes e a interface do usuário geral devem ser parecidas para suas conversas de bate-papo, visite esta página para obter mais detalhes), até algo está errado com o tema do bate-papo que você está usando, não deve ser feio.
Tanto quanto você usou o tema de bate-papo padrão ("Ubuntu" em qualquer caso desde 9.10), não deve haver nenhum problema que você mencionou, desde que a fonte que o tema usa ainda esteja instalada no sistema . Mas como você mencionou que está enfrentando desde 10.04, eu me pergunto se você está usando configurações padrão ou personalizou o sistema tão dramaticamente que o problema surgiu em todas as versões do Ubuntu desde 10.04.
Como uma solução rápida, recomendo que você baixe o tema do bate-papo para o Empathy chamado Renkoo (É o tema a partir do qual o tema de bate-papo do Ubuntu é criado, então você dificilmente notará qualquer diferença). Depois de baixá-lo, a pasta do tema tem .AdiumMessageStyle extension, mantenha a pasta no diretório home em .local/share/adium/message-styles/ (se o diretório não existir, crie-o). Depois de colocar a pasta lá, ela deve aparecer em Editar- > Preferências- > Temas [Tab]. Altere o tema e veja se as fontes agora parecem adequadas (você precisará reabrir a janela de bate-papo para que as alterações entrem em vigor).