Não existe um padrão diferente daquele em que você decide. Os sistemas operacionais atualmente populares suportam todos esses nomes igualmente bem, e a organização dos seus arquivos é de sua escolha .
Em termos de compatibilidade, todas as três versões são boas, e não há razão para evitar espaços. Na verdade, quando o Windows introduziu suporte a nomes extensos de arquivos em 1995 (maiúsculas / minúsculas e espaços suportados, com suporte total a Unicode adicionado em 1996), o Unix já tinha o mesmo por mais de vinte anos (a Wikipedia lista o V6FS do ano 1972 ). Para lembrar, estamos atualmente no ano de 2012.
(... A menos que você use MS-DOS ou VMS como seu SO principal, caso em que este comparação pode ser interessante.)