Se você os desconectar, talvez seja necessário reconstruir o RAID posteriormente, o que é complicado se você não estiver familiarizado com o RAID. Você pode deixá-los conectados, mas dar prioridade de inicialização ao novo disco rígido no BIOS. Instale o Windows 7 de 64 bits no novo disco rígido. Como é o primeiro em ordem, deve ser atribuído C como de costume. No pior dos casos, será atribuída outra letra de unidade, mas você não deverá ter nenhum problema, pois o Registro será configurado automaticamente para usar a nova letra de unidade e todos os seus novos programas serão instalados lá por padrão. É irritante ver a unidade do Windows como algo diferente de C. Ela não tem nenhum impacto na funcionalidade e compatibilidade, além de alguns programas antigos que procurariam C e não encontrariam nenhuma. Além disso, esses programas antigos podem nem ser instalados em 64 bits, então você não se importa.
Certifique-se de instalar primeiro o driver do chipset Intel antes do driver RAID para evitar problemas. O driver do chipset vai sempre primeiro e depois você instala o RAID, os gráficos, etc., já que outros drivers podem ter problemas se os drivers do chipset mudarem.