Eu tenho exatamente o mesmo problema, também executando o Ubuntu 12.04 em uma máquina virtual VMware. É o mesmo usando o VMware Fusion e o VMware ESXi. Também é extremamente difícil pegar qualquer borda da janela, por exemplo, para esticar a janela na horizontal ou na vertical.
A única solução que encontrei até agora é usar o atalho de pressionar ALT e usar o terceiro botão (geralmente do meio) no mouse, se você tiver um. Isso permitirá que a janela seja redimensionada enquanto o ponteiro estiver dentro do limite dessa janela, ignorando a necessidade de agarrar o canto inferior direito.