Você já respondeu à sua própria pergunta, pois eles são perdas (e não devem ser adicionados ao todo) devem ser removidos das colunas. Você pode fazer isso de duas maneiras: ou zerá-los (o que não permitiria que você os avaliasse em termos do todo) ou atribuir-lhes um valor negativo. Ao atribuir um valor negativo, você ainda pode comparar a magnitude relativa da perda em comparação com o todo.
O problema é que o eixo Y começa em 3400. Isso está causando dois problemas. Primeiro, faz com que a perda "desapareça" quando você a converte em um número negativo. Na verdade, estava lá fora do alcance do seu gráfico.
Além disso, há um problema significativo com o corte da base de suas colunas. Os gráficos de colunas devem sempre começar em 0 (devido à capacidade de julgar o comprimento das colunas em relação aos outros). Ao truncar as colunas, você enfatiza demais o impacto relativo dos valores menores. Por exemplo, na coluna "2 meses", os valores "Estendido" parecem ser quase tão grandes quanto os "Ativos", quando na verdade são apenas 10% deles.
Aqui está um exemplo das colunas de altura total com perdas marcadas como um valor negativo. Eles estão invertidos (abaixo do eixo Y 0), mas você ainda pode julgar sua magnitude relativa em relação aos conjuntos. O resultado é que os valores são muito pequenos, mas devem ser - eles representam apenas cerca de 1-2% do total.