Então eu executei um script AutoHotkey
- em um convidado do Windows Vista dentro do VirtualBox (que não suporta integração de mouse e teclado)
- em um convidado do modo XP com o VirtualPC da Microsoft (que suporta essa integração)
certificando-se de que o foco do teclado estava desativado. A macro funcionou mesmo quando tirei o foco do teclado. Eu poderia assisti-lo funcionar na máquina virtual.
A resposta à sua pergunta é, portanto, "sim, provavelmente".
Não sei se isso funcionará em todas as condições, mas não vejo por que não deveria.