Uma solução melhor pode ser usar o Caliber para produzir uma versão / mobi do e-book. Primeiro você converte de PDF para HTML, reinsira as imagens conforme necessário, depois o Caliber pode ler o HTM e produzir um .mobi adequado para o Kindle. Você pode usar as ferramentas de tamanho de fonte do Kindle sem o zoom e a rolagem inadequados necessários para PDFs.
Alterar o tamanho da fonte em um PDF significa re-fluir o texto. O mesmo se aplica à alteração do tamanho da página de Carta ou A4 para o tamanho do Kindle. Até onde sei, não há ferramentas que possam automatizar isso para arquivos PDF arbitrários.