Um pouco de conhecimento é uma coisa perigosa. Vamos ver, a coisa certa a fazer seria retirar os dados antes de fazer uma operação seriamente baixa. O fluxo de trabalho 'inteligente' seria obter os dados que você precisava com um liveecd, executar uma varredura de vírus (ou alguns) e depois limpar o disco.
Você deseja usar um livecd para trabalho de recuperação e um segundo disco para salvar arquivos. Eu sugiro o xubuntu livecd, e você pode instalar as ferramentas que eu menciono com bastante facilidade, conforme necessário.
Eu daria testdisk (como mencionado por karlson) uma tentativa primeiro, e se isso falhar, vá para outras alternativas.
Agora, se é um tipo de arquivo comum (veja esta lista ) photorec ignora o sistema de arquivos e recupera arquivos, para que ele possa trabalhar em sistemas de arquivos extremamente danificados. Eles têm um guia passo a passo aqui. Ele faz manejar nomes de arquivos, portanto, pode ser necessário escavar para encontrar o arquivo (mas, nesse caso, o tamanho do arquivo deve ser uma oferta)