Cheguei à sua pergunta porque pesquisei sobre o problema com o OSX Lion ao exportar compartilhamentos para clientes samba (Linux). Você já descobriu a parte difícil, isto é, ao montar compartilhamentos de smb da Lion você tem que usar as opções nounix,noserverino,sec=ntlmssp caso contrário o cliente não funcionará.
As permissões agora devem ser um assunto muito mais fácil. Primeiro, observe que ao usar nounix , o uid/gid/modes dos arquivos não será comunicado do servidor para o cliente. Então você tem que dar a eles algum valor no lado do cliente, digamos uid=1000,gid=1000 (use seus valores de usuário do Linux).
A mesma coisa com os modos file e dir, eles não são comunicados entre os dois lados, então eles são apenas "falsificados" no lado do cliente para o que você quiser, então usar algo como file=mode=0644 and dir_mode=0755 fará tudo aparecer OK no lado do cliente.
No lado do servidor (OSX), os arquivos serão de propriedade do usuário que você usou para fazer a conexão SMB e suas permissões serão o que o OSX usar como máscara padrão, eu acho.