O CentOS "Remove all linux partitions" significa que ele deixará intactas quaisquer partições contendo sistemas de arquivos que não sejam especificamente para o linux. Isso deixaria qualquer partição NTFS, VFAT ou FAT.
Isso pode ser útil quando você já tem um sistema Windows / Linux de inicialização dupla e deseja fazer uma instalação limpa do Linux sem afetar o Windows.