A principal diferença entre eles é o tamanho. Aqui você pode ver os detalhes do conector de disquete e aqui você pode ver as especificidades do conector padrão.
Basicamente, eles são eletricamente iguais, mas o disquete é fisicamente menor. Não espere conectar o dispositivo que usa o conector de disquete ao padrão sem alguns hacks ...
Você também tem certeza de que não tem um conector de disquete? Pelo menos um esteve em fontes de energia por muito tempo. Se você realmente não tem um, você pode tentar encontrar um adaptador e usá-lo para o dispositivo ou fazer um você mesmo a partir de uma fonte de alimentação antiga.