Sim, você pode, mas você precisaria usar um DVD ao vivo para inicializar e selecionar "Install Backtrack" na área de trabalho. Então, quando a opção de disco rígido para instalação aparecer, selecione "Selecionar partições manualmente" e nesse menu você precisará selecionar o pen drive USB e particioná-lo como se fosse um disco rígido (ou seja, definir algumas centenas de megas de espaço como SWAP e o restante formatam como EXT3 e mountpoint de /). Certifique-se também de verificar a guia "Avançado" e certifique-se de que o gerenciador de inicialização esteja instalado no seu cartão de memória, e não no MBR do seu disco rígido, ou você vai estragar o acesso às suas instalações atuais no disco rígido.