Já considerou o LaTeX? É independente de plataforma / SO e pode produzir resultados em vários tipos de documentos. Tem raízes que remontam a Donald Knuth, que produziu as formas iniciais da linguagem Typsetting de Tex para abordar os desafios que viu na produção de seus livros, particularmente relacionados à apresentação da matemática.
LaTeX é muito robusto, tem muitos pacotes ins adicionados para a produção dinâmica de gráficos em linha, formatação, controle de fluxo, tipo de letra, etc ... Você poderia até usar algo parecido com PHP para produzir o arquivo formatado LaTeX para conversão para PS , PDF ou outro como parte de sua cadeia de produção de documentos.
Você pode dar uma olhada no fórum Tex no StackExchange para ter uma idéia de alguns dos recursos de produção de documentos disponíveis.