Não tenho certeza se entendi sua pergunta. Tanto quanto eu entendo você tem uma função1 que dá três argumentos de saída que você deseja usar como entradas para uma função2. Nesse caso, você poderia simplesmente deixar as funções separadas e usá-las como
[a,b,c] = function1();
endResult = function2(a,b,c);
Ou você pode aninhá-los, colocando function1 dentro de function2. Você faria isso apenas anexando function1 ao arquivo function2. No shell:
cat function2.m function1.m > function2.m
ou apenas use um editor. Você terá que editar a nova função de qualquer maneira, por exemplo adicionando as duas linhas de código Matlab acima antes de definir a função1.m.
Isso é alguma ajuda?