Seu RAID aparecerá para o seu sistema operacional como um volume regular, com sistema de arquivos regular, etc. Em geral, em linux (que eu suponho que você use, desde seu avatar você tem um pinguim com um flag) você não precisa desfragmentar.
Seu sistema fará as verificações necessárias quando você o ativar, o linux em geral programa alguns cheks após as montagens x do sistema de arquivos.
A única coisa que você poderia dar uma olhada, se o seu sistema suporta, são os parâmetros SMART dos HDs. O SMART é uma tecnologia que tenta avisá-lo quando as coisas não estão indo bem nos HDs. Mas isso depende do modelo HD, do sistema operacional, da placa-mãe, dos programas que você instalou para monitorar isso ...