Tendo estado em contato com o suporte da Microsoft, verifica-se que este é um bug em arquivos off-line.
Efetivamente, não o use para pastas que você compartilha com outras pessoas, use-o apenas para sincronizar directores de casas.
Synctoy é a melhor opção para sincronização, pois oferece um controle mais granular sobre os arquivos sincronizados.