Acabou sendo o aplicativo SyncWall (que é de outra forma ótimo). A remoção específica dos atalhos fez o truque (a desativação da função não foi suficiente). Não sei por que eles iriam entrar em conflito e por que isso só aconteceu após a reinicialização desde que eu instalei o aplicativo muito antes e definitivamente não tive esse problema antes.
Tal alivio, isto estava realmente me incomodando. Então, eu queria registrar um ticket no sourceforge, mas não foi autorizado pelo administrador do projeto.