Uma solução e uma ideia:
Solução: se você puder abrir seu PDF com o gimp, poderá usar a opção "selecionar por cor", ajustar a tolerância e clicar em qualquer coisa em vermelho. Depois, pinte toda a seleção com vermelho. Então faça o mesmo com preto. E, finalmente, selecione o fundo branco e preencha com branco.
Demorará um pouco se você tiver muitos PDFs.
Idéia : não sei ao certo qual formato é usado pelo PDF para armazenar suas imagens. Se você pudesse verificá-los novamente, faça-o no formato .GIF ou até mesmo tente exportar o PDF como formato .GIF. Então, usando o imageMagick, reduza a paleta de cores para apenas 3 possibilidades: branco, preto, vermelho. Você não terá o "ruído" novamente.
Não sei se você pode fazer isso diretamente usando o imageMagick, diretamente dos PDFs.