Bem, parece que ninguém encontrou essa situação antes. Como alguém poderia ter o mesmo problema em algum momento no futuro, decidi não excluir minha própria pergunta, mas respondê-la.
Corrigi o problema adicionando o parâmetro - "% 1" , para que a entrada do registo se pareça com isto:
[Computer\HKLM\SOFTWARE\Classes\ChromeHTML\shell\open\command] "C:\Users\Witchunter\AppData\Local\Google\Chrome\Application\chrome.exe" --user-data-dir="c:\Users\Witchunter\AppData\Local\ChromeUserData\shortcut-1311099461053" -- "%1"
É muito importante que "% 1" é o último e que existe um caractere de espaço entre - e "% 1" . Não sei por que esse switch específico é usado dessa maneira, mas é crucial ter um caractere de espaço entre eles. Se esse caractere não estiver presente, uma nova janela do Google Chrome será aberta exibindo "Nova guia".
Espero que alguém ache isso útil.