Contanto que a falha seja relacionada ao software (como, por exemplo, você não largou a máquina da mesa da cozinha), não há danos ao disco rígido em si.
O que causa problemas de inicialização após falhas é o fato de que alguns arquivos foram corrompidos devido à gravação incompleta. Simplificando, digamos que sua máquina Ubuntu estava gravando em um arquivo de configuração que está sendo lido no momento da inicialização, mas quando a gravação estava no meio do caminho, ela caiu. Isso faz com que um arquivo incompleto permaneça no disco, portanto, da próxima vez que você inicializar, você poderá ter um problema, porque o sistema não sabe o que fazer com esses dados incompletos.
Observe que isso não é dano físico de forma alguma: desde que a falha tenha sido causada por erros de software (por exemplo, BSODs) ou pelos botões liga / desliga ou de reinicialização, é provável que nada dê errado. O que pode causar problemas são os picos de tensão, como aqueles causados pela remoção do cabo de alimentação ou das luzes, ou simplesmente deixar cair o seu laptop.
Com relação ao efeito do sistema operacional convidado para o host: desde que o convidado do Ubuntu não toque em nenhum arquivo pertencente ao host do Windows (por meio de pastas compartilhadas), esses problemas afetarão apenas o convidado e nunca o host. .