A perda de qualidade será perceptível em resoluções maiores. Quanto maior a resolução, mais pixels a tela tentará renderizar; assim, se a resolução for muito alta para a mídia que você está reproduzindo, você obterá pixelização.
My comparison was done on a computer monitor, would the quality loss be substantially noticable if I purchased a 50 inch TV in the future?
Você diz que se converteu em um VOB, então provavelmente é a mídia antiga? Se assim for, jogá-lo em um LCD / plasma / LED 1080p de 50 polegadas provavelmente causará degradação.
Is this type of file highly supported? (I don't want to experience incompatible players)
Em termos de suporte, o MP4 / h.264 é um formato altamente suportado (geralmente móvel). Isso dependerá do hardware em que você toca a mídia. Os jogadores mais velhos provavelmente não suportarão o formato. Os reprodutores de mídia de software de computador mais recentes terão os codecs disponíveis para ele, mas alguns não.
What other issues could a conversion of files such as this cause in the future?
No que diz respeito a este, depende das tendências tecnológicas na área de compressão de vídeo. Talvez eles saiam com um método de compactação mais recente e melhor, e o MP4 / h.264 se torne obsoleto. Mas isso é óbvio.