É muito raro os discos rígidos reportarem erroneamente seu tamanho (em oposição aos flash drives), e pode ser que você tenha uma unidade de 1TB que o fabricante, por algum motivo, escolheu alocar apenas 500GB para uso. .
Como você já encontrou o console de gerenciamento de disco, você pode fazer uma de duas coisas, você pode criar uma nova partição nessa unidade (clique com o botão direito no espaço vazio e selecione "Nova Partição") para testar que você pode armazenar dados com segurança, ou simplesmente clicar com o botão direito do mouse na partição existente e (no Vista e no Win7 pelo menos), você terá a opção de estender essa partição para usar o espaço restante.