A GPU da sua placa gráfica tem as mesmas garantias que uma CPU, ou seja, quando a temperatura ultrapassa um certo limite, a placa reduz a velocidade do relógio ou corta por completo.
Existe sempre a possibilidade de que isto irá falhar (e reiniciar o seu PC), e existe sempre a possibilidade de haver danos duradouros no hardware (embora improváveis).
No entanto, eu não posso exatamente informar que você deixa uma máquina sem supervisão por um longo período de tempo. Seu corpo de bombeiros local provavelmente recomendará que você desconecte a maioria de seus aparelhos se sair de casa por qualquer período de tempo, então eles podem considerar deixar o seu PC rodando com a GPU rodando a toda a velocidade um pouco imprudente!